上海法租界连发三起命案，三个看似完全没有任何关系的死者竟然都有着同一个名字“钟鸣”。凶手擅长使用剧毒暗器和反关节格斗，心理素质极其之高，很可能是一个身怀绝技的冷血杀手。老虎探长钟朗（吕良伟 饰）和于胜男（李若斯 饰）、康华生（徐亮 饰）及洪小雅（马灿灿 饰）展开联合调查，而初步结果令钟朗心生疑窦。原

高丽叛军突起，大明援其火器并由高丽将军崔代元押送，不料途中被劫，六扇门玄武小组调查发现是监守自盗盖因崔之义女被叛军绑架，陷崔于两难境地。玄武小组为崔打动，誓在追回火器的同时救出人质，保其忠义两全！

被采花大盗骚扰不堪的小镇，唐积德巧遇 “大侠”白小凤。白小凤表面上符合唐积德内心中大侠的完美标准，不想她却是和采花大盗联手的险恶之徒，在发觉真相并与之战斗的过程中，唐积德对“大侠”二字有了更深的理解。

一伙神秘匪徒意欲在即将举行的祭天盛典上行刺皇帝，六扇门必须在此之前将该案破获。种种线索指向襄阳的苍生客栈，当玄武小组赶到时，一伙匪徒竟将整个客栈的客人劫为人质——而他们的目标，却在所有人的预想之外……

大金使节达哈苏出使大明以求两国平和，六扇门接到使命护卫。却不料达哈苏抵达后，其副手俄然发问，里应外合占据了六扇门，目的是要杀死达哈苏，挑起两国战役。面临沦亡，同门惨遭屠杀，玄武小组打开拼死的激战。

京城出现天启通宝的假币，皇帝大怒，命六扇门彻查此事，玄武小组成员奉命调查此事，顺藤摸瓜发现巨贾柳百川与假币案有千丝万缕的联系，随着调查的深入，他们发现了柳百川的另一个身份，也由此离真相更近了一步。

张一奉命执行一项任务，不想却中了圈套。周冲带着祝英前去营救，里应外合救出张一，并从倭寇手中救出数名村民，将倭寇头子竹下一郎正法，投敌叛国的将军刘猛受到惩罚。周冲和张一祝英正式组成“玄武”小组。

一宗多年前的杀人案浮出水面，牵出一个在逃的杀手，六扇门捕快张一和刘魁联手侦查，发现案中有种种蹊跷，就在案情逐渐大白时，刘魁和张一的身份也浮出水面，刘魁为了张一牺牲了自己，而张一则决定和过去诀别。

圣约翰大学实验室女教授于胜男（李若斯 饰）依据历年判案的经历写出《上海疑案》一书，随即成为热卖作品。在胜男的记者招待会上，一只装有带血匕首的盒子被送入会场，引起骚动，胜男直觉这把刀和她的书有关。与此同时，圣约翰大学一名女学生遇害，胜男和康华生（徐亮 饰）、犯罪学专家洪小雅（马灿灿 饰）一同前往现场调

上海徐家汇棚户区附近河内发现一具女性白骨，巡捕房老虎探长钟朗（吕良伟 饰）和科学家康华生（徐亮 饰）、圣约翰大学实验室女教授于胜男（李若斯 饰）结伴前往现场调查，结果发现该白骨被人通过特殊方法伪造成一具死亡达三年的陈尸。华生通过头骨进行了复原，其中一幅画像竟与不久前离奇失踪的上海沪江饭店女经理杜兰极